万佛楼共有三层。

第一层是三昧书屋，以现代禅意风格为主，内设书吧、茶吧以供来往信徒朝圣之后休憩之所，信徒义工可以在此品尝论道阅读经典开启人生智慧。

第二层为妙智讲堂，每月有法师或者老师在此开设讲座，弘扬佛法经典以及中华传统文化，提升信众义工综合文化素质，以更好的文化品质服务来往的十方善信。

第三层为藏经楼，涵藏了佛教三藏十二部的经典，为僧众及对佛法深入者提供阅藏的平台，也是保护佛法典籍薪火相传的重要因缘。