祖殿殿门两边的对联是清代钱伯吹撰写的对联，偈说无生，问门外流水知否；花拈微笑，参西来大意何如？尽现禅宗实相无相，微妙法门，不立文字，教外别转之旨，以心印心之法。

祖殿内供奉的是永嘉大师，又称玄觉大师，后世有称其为元觉乃因避清圣祖康熙皇帝之名讳(帝名玄烨)故称师为元觉。

祖像的材质是铜结构，像高3.1米，重1.6吨，温州著名雕塑家周如章先生创作，铜像背后屏风为宋代苏东坡书证道歌碑刻图案，上有篆书碑额“重开永嘉”四字。基座为花岗石须弥莲花座，中间雕刻唐代卷草纹。

祖师铜像是永嘉大师40岁左右的样子，是大师从曹溪经六祖印证开悟后，回来端坐说法的状态。

祖师殿壁画，汉白玉线刻，贴真金，高2.6米，总长24米，分设东西两壁之上，温州大学美术学院袁纲平教授创作。

东墙《禅宗源流》四幅，描绘佛教自印度传入，禅宗的传播，并至永嘉禅的形成。

第一幅：自释迦牟尼灵山说法，拈花微笑，迦叶会意，“第一迦叶首传灯，二十八祖西天记”传至达摩称西天廿八祖。

第二幅：菩提达摩“一苇渡江”，在中国始传禅宗，称为禅宗初祖。

第三幅：禅宗经二祖慧可，三祖僧璨、四祖道信、五祖弘忍、六祖慧能等大力弘扬，终于一花五叶，盛开秘苑。

第四幅：玄觉禅师自曹溪证道，返永嘉後，三吴学者齐集禅阶问道，四方高人亦闻风而来，一篇《证道歌》传至海内外，从此永嘉禅学名闻天下，为慧能门下禅宗五大宗派之一。

西墙《永嘉证道》四幅，讲述永嘉大师生平修行得道的经历。

第一幅：永嘉大师总角出家，初在永嘉龙兴寺为僧，“遍探三藏，精天台止观圆妙法门”。后于寺旁岩下筑禅庵潜修，“沧海荡其胸,青山拱其背”。

第二幅：修行数年，感到“独学孤陋”，佛法难精，遂与东阳玄策禅师一同游方询道，直至曹溪宝林寺（今南华寺）。

第三幅：谒见六祖慧能禅师，“觉振锡绕庵答对”，印证了生死的道理，“自从认得曹溪路，了知生死不相干。”

第四幅：永嘉大师于唐先天二年“端然入定，怡然不动”，圆寂于龙兴别院，卒后百年，永嘉太守在松台山顶建净光禅寺和净光宝塔，2006年重建。

我们再绕到永嘉大师像的背后，这是由净光山石雕刻而成的一幅将军像，这位就是韦驮菩萨，他是示现将军身，保护寺院和修行者的安全和合。